Obecné nařízení GDPR nezmiňuje lékárny explicitně. Zda se na ně GDPR vztahuje, lze proto usuzovat pouze nepřímo, na základě obecných ustanovení. Především, pokud jde o lékárny s velkým počtem receptů a pacientů, ty pod GDPR nepochybně spadají, a to jednak z důvodu, že de iure jde o zdravotnické zařízení, jednak proto, že zpracovávají velký objem vysoce citlivých osobních dat. Otázkou to je u malých lékáren, výdejen a "jednokoněk"; je možné, že podobně jako České lékařské komoře, může se i České lékárnické komoře podařit, vyjednat pro ně výjimku. Jednání v tomto směru dosud nejsou uzavřena. Jisté však je, že v okamžiku, kdy lékárna začne pracovat s elektronickým receptem, bude se na ni GDPR vztahovat naprosto jednoznačně.